L'arcipelago giapponese è composto da un totale di 6.852 isole di cui le quattro isole principali, da nord a sud, sono Hokkaidō, Honshū, Shikoku, Kyūshū, le quali formano un arco lungo circa 3000 km che si apre verso nord-ovest. Le  coste sul Pacifico sono in prevalenza frastagliate, ricche di golfi, promontori e insenature. A sud dell'omonima baia che sono situati molti dei più importanti porti e baie del Giappone.

A nord dell'isola le più alte cime sono costituite in maggior numero da coni vulcanici. A testimonianza dell'intenso vulcanismo che, insieme alla forte instabilità sismica, ha caratterizzato la formazione geologica del Paese, sul territorio giapponese sorgono ancora circa 200 vulcani dei quali 108 sono tuttora attivi, mentre numerosissime sono le sorgenti termali. La presenza dei vulcani attivi e la frequenza di terremoti fanno del Giappone una delle regioni più instabili del pianeta. 

Grazie alla temperatura calda e umida dell'estate, il Giappone ha una flora varia  e rigogliosa che conta più di 4000 specie di piante. Fra le piante fiorite va menzionato innanzitutto il ciliegio. Tra gli alberi predominano le conifere; diffuso è il cedro giapponese, detto sugi, il larice e diverse varietà di abete. Nella parte meridionale si trovano alberi come il bambù (utilizzato in cucina e nell'edilizia), l'albero della canfora e il fico d'india; la pianta del tè e della cera vegetale sono molto diffuse.

La fauna giapponese, ricca e varia, ed annovera tra le sue specie animali tipici delle zone fredde. Molte specie di uccelli e una nutrita varietà di rettili, anfibi, pesci, e insetti, come le cicale.

Le isole giapponesi presentano condizioni climatiche molto varie, prevalentemente il clima è temperato. La temperatura media varia tra i 5 °C di Nemuro (Hokkaidō) e i 16 °C di Okinawa, con una temperatura media di 25 °C. Estati brevi e miti e inverni lunghi e rigidi caratterizzano l'isola di Hokkaidō e la parte settentrionale del Honshū.